Costa Rica ingresa como miembro de la OIM en diciembre de 1952, y para 1954 se establece la presencia permanente de la organización en el país. Sus principales interlocutores gubernamentales son el Ministerio de Relaciones Exteriores y Culto, el Ministerio de Seguridad Pública, a través de la Dirección General de Migración y Extranjería y el Ministerio de Trabajo y Seguridad Social.
Desde sus inicios, la OIM en San José ha ejecutado los programas tradicionales de la Organización, entre ellos los programas de migración selectiva y en general movimientos asistidos en el marco de diversos proyectos.
En octubre de 1997, se crea en San José la Oficina Regional de la OIM para Centroamérica, México y el Caribe, cubriendo un total de 11 países. Además de ser la Oficina Regional, la oficina de San José se encargaba también de la misión para Costa Rica. La responsabilidad sobre los países del Caribe es transferida a la Oficina de la Organización en Washington, en marzo de 1999.
La OIM en San José ha participado en la Comisión Centroamericana de Directores de Migración (OCAM) desde su constitución en 1990, asumiendo su Secretaría Técnica en 1999, hasta 2006. Asimismo, como Oficina Regional ha participado en las reuniones de la Conferencia Regional sobre Migración (CRM), también desde sus inicios, en 1996. Desde su creación en septiembre del año 2001, la Secretaría Técnica de la CRM establece su sede en las Oficinas de la OIM en San José.
Hasta julio de 2011, la OIM en San José mantenía la responsabilidad de Oficina Regional y de representación para Costa Rica. Durante los años previos a esa fecha, la OIM Costa Rica encabezó proyectos regionales y nacionales en diversas materias, siendo los más importantes en trata de personas y tráfico ilícito de migrantes, gestión migratoria y migración laboral.
A partir de julio de 2011, como parte de un proceso de restructuración de la OIM a nivel global, la Oficina Regional y la oficina para Costa Rica se volvieron independientes.
Actualmente la OIM para Costa Rica implementa proyectos en seguridad humana para los migrantes, migración laboral, vinculación con la diáspora, migración y desarrollo y protección y asistencia a migrantes vulnerables
Además, a través de su participación en ambos procesos regionales, la Oficina de San José brinda servicios técnicos a las contrapartes de Costa Rica, entre otros asesoría para la gestión migratoria, elaboración e implementación de proyectos, y capacitación en temas como el combate a la trata de personas y el tráfico de migrantes, documentos de viaje y sistemas de emisión de documentos.